Předmět: Modelování pro ekology v programu R

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Modelování pro ekology v programu R
Kód předmětu KBE/013
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Doktorský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 6
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu unspecified
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Boukal David, doc. Ing. MgA. Ph.D.
  • Soukup Pavel, Mgr.
Obsah předmětu
Obsah přednášky: Základní principy modelování v ekologii, stručný přehled dostupného software. / Populační a evoluční dynamika I: analýza maticových modelů, náhodné vlivy, aplikace v ochraně přírody a biologické kontrole, evoluce životních cyklů (R balík popbio). / Populační a evoluční dynamika II: spojité modely, trofické sítě (deSolve). / Modely a experimenty: fitování dat, vliv chyb pozorování (emdbook). / Vnitrodruhová a prostorová varibilita: metapopulace, optimalizace chování, agent-based modely (simecol). / Pokročilé vizualizace modelových simulací (ggplot2). Obsah cvičení: Přednáška a cvičení se prolínají, praktické příklady navazují na probranou teorii. Studenti během kurzu řeší zadané konkrétní úlohy na procvičení dovedností.

Studijní aktivity a metody výuky
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Pracovní činnosti (dílny)
  • Domácí příprava na výuku - 30 hodin za semestr
  • Účast na výuce - 48 hodin za semestr
  • Příprava na zkoušku - 40 hodin za semestr
  • Semestrální práce - 60 hodin za semestr
Výstupy z učení
Posluchači se v prostředí programu R seznámí s nejdůležitějšími principy a postupy modelování procesů v populační, behaviorální a evoluční ekologii. Důraz je kladen na praktické příklady s cílem umožnit studentům aktivní osvojení metod a jejich použití ve vlastní odborné práci.
Studenti získají dovednosti potřebné k samostatnému řešení vybraných ekologických problémů v prostředí programovacího jazyka R a jejich prezentaci formou rukopisu.
Předpoklady
Základní znalosti ekologie a práce v programu R. Prerekvizity - povinné - Ekologie KBE 022, doporučené - Základy moderních regresních metod nebo Moderní regresní metody KBE 785, Vizualizace dat KBE 782.

Hodnoticí metody a kritéria
Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce), Seminární práce

Periodicita: předmět běží v akademických letech začínajících lichým letopočtem (např. 2013/2014). Úpěšné složení zkoušky je podmíněno předložením funkčního kódu v programu R řešícího vybraný problém a shrnutí výsledků psanou formou (základní struktura rukopisu vědecké práce v doporučeném rozsahu cca 4-8 stran A4). Speciální kurz doktorského studijního oboru Fyziologie a vývojová biologie, Biologie ekosystémů, Botanika, Zoologie, Hydrobiologie a Entomologie (max. 15 studentů).
Doporučená literatura
  • B.M. Bolker (2008) Ecological models and data in R. Princeton..
  • R. Hilborn, M. Mangel (1997) Ecological detective: confronting models with data. Princeton..
  • V. Grimm, S.F. Railsback (2005) Individual based modeling and ecology. Princeton..


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr