Předmět: Modelování pro ekology v programu R

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Modelování pro ekology v programu R
Kód předmětu KBE/013
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Doktorský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 6
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu Povinně-volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Boukal David, doc. Ing. MgA. Ph.D.
  • Soukup Pavel, Mgr.
Obsah předmětu
Obsah přednášky: Základní principy modelování v ekologii, stručný přehled dostupného software. / Populační a evoluční dynamika I: analýza maticových modelů, náhodné vlivy, aplikace v ochraně přírody a biologické kontrole, evoluce životních cyklů (R balík popbio). / Populační a evoluční dynamika II: spojité modely, trofické sítě (deSolve). / Modely a experimenty: fitování dat, vliv chyb pozorování (emdbook). / Vnitrodruhová a prostorová varibilita: metapopulace, optimalizace chování, agent-based modely (simecol). / Pokročilé vizualizace modelových simulací (ggplot2). Obsah cvičení: Přednáška a cvičení se prolínají, praktické příklady navazují na probranou teorii. Studenti během kurzu řeší zadané konkrétní úlohy na procvičení dovedností.

Studijní aktivity a metody výuky
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Pracovní činnosti (dílny)
  • Domácí příprava na výuku - 30 hodin za semestr
  • Účast na výuce - 48 hodin za semestr
  • Příprava na zkoušku - 40 hodin za semestr
  • Semestrální práce - 60 hodin za semestr
Výstupy z učení
Posluchači se v prostředí programu R seznámí s nejdůležitějšími principy a postupy modelování procesů v populační, behaviorální a evoluční ekologii. Důraz je kladen na praktické příklady s cílem umožnit studentům aktivní osvojení metod a jejich použití ve vlastní odborné práci.
Studenti získají dovednosti potřebné k samostatnému řešení vybraných ekologických problémů v prostředí programovacího jazyka R a jejich prezentaci formou rukopisu.
Předpoklady
Základní znalosti ekologie a práce v programu R. Prerekvizity - povinné - Ekologie KBE 022, doporučené - Základy moderních regresních metod nebo Moderní regresní metody KBE 785, Vizualizace dat KBE 782.

Hodnoticí metody a kritéria
Rozbor produktů pracovní činnosti studenta (technické práce), Seminární práce

Periodicita: předmět běží v akademických letech začínajících lichým letopočtem (např. 2013/2014). Úpěšné složení zkoušky je podmíněno předložením funkčního kódu v programu R řešícího vybraný problém a shrnutí výsledků psanou formou (základní struktura rukopisu vědecké práce v doporučeném rozsahu cca 4-8 stran A4). Speciální kurz doktorského studijního oboru Fyziologie a vývojová biologie, Biologie ekosystémů, Botanika, Zoologie, Hydrobiologie a Entomologie (max. 15 studentů).
Doporučená literatura
  • B.M. Bolker (2008) Ecological models and data in R. Princeton..
  • R. Hilborn, M. Mangel (1997) Ecological detective: confronting models with data. Princeton..
  • V. Grimm, S.F. Railsback (2005) Individual based modeling and ecology. Princeton..


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Letní
Přírodovědecká fakulta Entomologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Botanika (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Botanika (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Entomologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Letní