Předmět: Pokročilé regresní metody

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Pokročilé regresní metody
Kód předmětu KBE/051
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Doktorský
Rok studia nespecifikován
Semestr Zimní
Počet ECTS kreditů 5
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu Povinně-volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Šmilauer Petr, doc. RNDr. Ph.D.
Obsah předmětu
Obsah přednášky: Lineární, zobecněné lineární a zobecněné aditivní modely; lineární modely se smíšenými efekty - vnořené vs. (částečně) zkřížené náhodné efekty, modelování korelační struktury, GLMM, GAMM; analýza přežívání s náhodnými efekty, zero-inflated a zero-truncated modely, pokročilé regresní stromy a náhodné lesy, analýza fylogenetických dat, analýza bodových uspořádání, výběr modelu - klasické postupy a postupy založené na úspornosti, průměrování modelů; boostrap a jacknife Obsah cvičení: Doplňují přednášku, nejsou časově oddělena - prolínají se

Studijní aktivity a metody výuky
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), e-learning
  • Příprava na zápočet - 28 hodin za semestr
  • Účast na výuce - 42 hodin za semestr
  • Domácí příprava na výuku - 28 hodin za semestr
  • Příprava na zkoušku - 28 hodin za semestr
Výstupy z učení
Posluchači se seznámí s pokročilými způsoby modelování dat z přírodovědných oborů, s důrazem na kombinaci pevných a náhodných efektů a také na volbu komplexity modelů a kombinace více jejich typů. Cílem je, aby si posluchači tyto postupy osvojili a dokázali je nezávisle používat ve své odborné práci. Významnou součástí kurzu jsou i přednášejícím hodnocené domácí úkoly.
Absolventi budou schopni se pro data pocházející z oborů přírodních věd správně rozhodnout o typu regresního modelu: podoba vysvětlujících proměnných a volba pevných vs. náhodných efektů, transformace škály vysvětlované a vysvětlujících proměnných, testování významností jednotlivých efektů a výběr vysvětlujících proměnných. Budou také schopni efektivně aplikovat pokročilé typy stromečkových modelů (např. boosted regression trees and regression forests). Naučí se aplikovat metody modelování fylogenetických korelací mezi jednotlivými taxony v oblasti srovnávací ekologie a správně použít neparametrické zobecněné aditivní modely (GAM a GAMM).
Předpoklady
Student by měl být již seznámen nejen se základními lineárními modely (lineární regrese, ANOVA), ale take s pokročilejšími zobecněnými lineárními modely (GLM) a s použitím těchto modelů v programu R. Znalost základů práce s programem R je ověřována na počátku kurzu.

Hodnoticí metody a kritéria
Písemná zkouška, Průběžné hodnocení

Periodicita: předmět běží v akademických letech začínajících lichým letopočtem (např. 2017/2018). Studenti by měli průběžně dodávané studijní materiály prostudovat před jejich probíráním s přednášejícím. Studentům jsou v průběhu semestru zadávány domácí úkoly (5-7), které jsou bodovány přednášejícím.
Doporučená literatura
  • A. Zuur et al. (2009): Mixed effect models and extensions in ecology with R. Springer.
  • K.P. Burnham & D.R. Anderson (1998): Model selection and multimodel inference. 2nd edition, Springer.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr
Přírodovědecká fakulta Botanika (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Zoologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Entomologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Botanika (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Entomologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Zimní
Přírodovědecká fakulta Zoologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Zimní
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Zimní