Předmět: Digitální analýza obrazu v biologii

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Digitální analýza obrazu v biologii
Kód předmětu KBE/121
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr Zimní
Počet ECTS kreditů 5
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu unspecified
Způsob výuky unspecified
Studijní praxe unspecified
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Nedoma Jiří, RNDr. CSc.
Obsah předmětu
Obsah přednášek: (1) Úvod do digitální analýzy obrazu, základní pojmy, historie a současné směry, hardwarové a softwarové požadavky. (2) Vstupní zařízení, kamery, skenery atd, obrazové formáty, komprese, archivace, kalibrace, optimální rozlišení. (3) Úprava obrázků (pro prezentaci a vizuální interpretaci versus pro segmentaci a měření), digitální filtry, jejich použití. (4) Transformace a porovnávání barevných a černobílých obrázků a logické a matematické operace s nimi, manuální měření na živých a archivovaných obrázcích. (5) Práce s prostorovou informací, série optických řezů, dekonvoluce, digitální ostření, prostorová rekontrukce. (6) Segmentace obrazu (manuální, automatická, multikriteriální), úprava binárního obrazu nástroji matematické morfologie. (7) Práce s binárními obrazy, binární operace. (8) Automatické měření na objektech binárního obrazu, měřené parametry: význam a interpretace, limitace. (9) Automatizace postupů - tvorba maker. (10) Efektivní zpracování velkých sérií hrubých dat (ukládání, třídění, kategorizace a prezentace) v tabulkovém procesoru. Obsah cvičení: (1) instalace a základní ovládání volně dostupného (freewarového) programu analýzy obrazu pro PC, procvičení základních postupů analýzy obrazu v návaznosti na přednášky (2) samostatná práce na konkrétním projektu, po dohodě buď zadaném přednášejícím a zpracovaném na volně dostupném softwaru, nebo vycházejícím z tématu diplomové práce a zpracovaném na dostupném vybavení, prezentace řešení.

Studijní aktivity a metody výuky
unspecified
Výstupy z učení
Cílem kursu je (1) poskytnout studentům povšechný přehled o současných možnostech digitální analýzy obrazu a jejích aplikacích v biomedicínských oborech (2) na intuitivní úrovni (bez znalosti matematického aparátu a technických detailů) naučit studenty používat základní postupy a nástroje analýzy obrazu a využívat jich při kvantitativním hodnocení obrazové informace (3) naučit studenty efektivně plánovat a zvládat všechny kroky potřebné pro práci na samostatných projektech: získání obrazového materiálu, jeho úprava a proměření, automatizace procedur, vyhodnocení dat v tabulkovém procesoru a jejich prezentace

Předpoklady
unspecified

Hodnoticí metody a kritéria
unspecified
Periodicita: v každém akademickém roce.
Doporučená literatura
  • Image analysis: principles and practice. A technical handbook. Joyce-Loebl, UK, 1985..
  • Wilkinson,MHF, Schut,F (Eds), Digital image analysis of microbes. Wiley, Chichester, 1998..


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr