Předmět: Speciální metody mikrobiální molekulární ekologie

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Speciální metody mikrobiální molekulární ekologie
Kód předmětu KBE/261
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 6
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu unspecified
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Bárta Jiří, Ing. Ph.D.
Obsah předmětu
Obsah přednášky: 1. Specifika izolace DNA/RNA z různých druhů vzorků 2. PCR amplifikace specifických úseků DNA pro jednotlivé skupiny bakterií, Archaeí 3. Online databáze (RDP, GenBank, SILVA, atd.) 4. DGGE,TGGE - denaturační gradientová elekroforéza, princip a příklady využití 5. qPCR - princip metody, absolutní, relativní kvantifikace 6. Metody stanovení extracelulárních enzymů (fluorogenní vs. chromogenní substráty) Obsah cvičení: 1. Izolace DNA/RNA 2. PCR amplifikace specifických úseků DNA 3. DGGE (denaturační gradientová elektroforéza) + vyhodnocení gelu 4. qPCR + vyhodnocení 5. Stanovení aktivit extracelulárních enzymů ve vybraných půdách (MUF-substráty)

Studijní aktivity a metody výuky
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
  • Domácí příprava na výuku - 20 hodin za semestr
  • Semestrální práce - 20 hodin za semestr
  • Příprava na zkoušku - 20 hodin za semestr
Výstupy z učení
Cílem předmětu bude seznámit studenty s molekulárně biologickými metodami, které se využívají při studiu kvantity a kvality komplexních mikrobiálních společenstev

Předpoklady
unspecified

Hodnoticí metody a kritéria
unspecified
Periodicita: běží každý rok Speciální kurz doktorského studijního oboru Fyziologie a vývojová biologie, Hydrobiologie a Biologie ekosystémů
Doporučená literatura
  • Brock: Biology of Microorganisms 12. nebo 13. vydání (Madigan, Martinko, Dunlap, Clark).
  • Modern Soil Microbiology, 2. Edice (van Elsas, Jansson, Trevors).
  • R studio.
  • Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. ISBN 0199651566.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr