Předmět: Speciální metody mikrobiální molekulární ekologie

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Speciální metody mikrobiální molekulární ekologie
Kód předmětu KBE/261
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Doktorský
Rok studia nespecifikován
Semestr Letní
Počet ECTS kreditů 6
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu Povinně-volitelný
Způsob výuky Kontaktní
Studijní praxe Nejedná se o pracovní stáž
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Bárta Jiří, Ing. Ph.D.
Obsah předmětu
Obsah přednášky: 1. Specifika izolace DNA/RNA z různých druhů vzorků 2. PCR amplifikace specifických úseků DNA pro jednotlivé skupiny bakterií, Archaeí 3. Online databáze (RDP, GenBank, SILVA, atd.) 4. DGGE,TGGE - denaturační gradientová elekroforéza, princip a příklady využití 5. qPCR - princip metody, absolutní, relativní kvantifikace 6. Metody stanovení extracelulárních enzymů (fluorogenní vs. chromogenní substráty) Obsah cvičení: 1. Izolace DNA/RNA 2. PCR amplifikace specifických úseků DNA 3. DGGE (denaturační gradientová elektroforéza) + vyhodnocení gelu 4. qPCR + vyhodnocení 5. Stanovení aktivit extracelulárních enzymů ve vybraných půdách (MUF-substráty)

Studijní aktivity a metody výuky
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
  • Domácí příprava na výuku - 20 hodin za semestr
  • Semestrální práce - 20 hodin za semestr
  • Příprava na zkoušku - 20 hodin za semestr
Výstupy z učení
Cílem předmětu bude seznámit studenty s molekulárně biologickými metodami, které se využívají při studiu kvantity a kvality komplexních mikrobiálních společenstev

Předpoklady
unspecified

Hodnoticí metody a kritéria
unspecified
Periodicita: běží každý rok Speciální kurz doktorského studijního oboru Fyziologie a vývojová biologie, Hydrobiologie a Biologie ekosystémů
Doporučená literatura
  • Brock: Biology of Microorganisms 12. nebo 13. vydání (Madigan, Martinko, Dunlap, Clark).
  • Modern Soil Microbiology, 2. Edice (van Elsas, Jansson, Trevors).
  • R studio.
  • Arthur Lesk. Introduction to Bioinformatics. ISBN 0199651566.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Letní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Hydrobiologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Fyziologie a vývojová biologie (1) Biologické obory - Letní
Přírodovědecká fakulta Biologie ekosystémů (1) Ekologie a ochrana životního prostředí - Letní