Předmět: Moderní limnologické metody

» Seznam fakult » FBI » KBE
Název předmětu Moderní limnologické metody
Kód předmětu KBE/461
Organizační forma výuky Přednáška + Cvičení
Úroveň předmětu Magisterský
Rok studia nespecifikován
Semestr -
Počet ECTS kreditů 6
Vyučovací jazyk čeština
Statut předmětu unspecified
Způsob výuky unspecified
Studijní praxe unspecified
Doporučené volitelné součásti programu Není
Vyučující
  • Šimek Karel, prof. RNDr. CSc.
Obsah předmětu
Obsah přednášek: Fluorescenční mikroskopie, pojem primární a sekundární fluorescence, specifická vazba fluorochromů. Barvení fluorochromy, které se vážou na DNA, rozlišení mikroorganismů na prokaryota a eukaryota. Využití vícenásobného diferenciálního barvení fluorochromy v mikrobiální ekologii, modelový systém predátor-kořist. Základy analýzy kinetických dat v biochemii: časové průběhy, saturační kinetika, užívané modely, software. Spektrofluorometrie, základní principy a využití. Fluorometrické stanovení aktivity extracelulárních enzymů. Práce s radioaktivitou: základní pojmy, zákonné normy, vybavení izotopové laboratoře I. kategorie. Měření radioaktivity scintilační spektrometrií. Teorie, obsluha a kalibrace scintilačního počítače, vyhodnocování výsledků. Primární produkce 14C metodou, osud primární produkce a extracelulární produkce 14C metodou. Obrat rozpuštěného ortofosfátu 32P metodou, inkorporace 32P, stanovení dostupného ortofosfátu podle Riglera. Bakteriální produkce inkorporací 3H-thymidinu, 3H-leucinu, 35S. Inkorporace a oxidace 14C značených substrátů (glukóza, acetát...), heterotrofní aktivita dle Hobbie & Wright. Mikroautoradiografie - princip metody, použití značených substrátů (3H, 14C, 32P, 33P) pro planktonní objekty různých velikostí. Obsah cvičení: Praktické provedení bude probíhat v moderně vybavených specializovaných laboratořích HBÚ AV ČR: Příprava preparátů s nízkou fluorescencí pozadí, barvení DTAF, rozlišení přítomnosti chlorofylu v buňkách mikroorganismů. Barvení DAPI (zvýraznění DNA a jader mikroorganismů), barvení primulinem (zvýraznění povrchových struktur prvoků). Barvení bakterií DTAF, dobarvení prvoků DAPI, stanovení rychlosti vyžírání bakterií prvoky. Vyhodnocování kinetických dat pomocí počítače. Seznámení s obsluhou a kalibrací fluorometru, kalibrační křivka methylumbelliferonu (MUF). Stanovení aktivity extracelulární fosfatázy a ß-glukosidázy pomocí příslušných MUF-substrátů. Seznámení s vybavením izotopové laboratoře. Test ze znalostí předpisů pro práci s radioaktivitou (podmínka připuštění k práci s izotopy). Seznámení s funkcí a obsluhou scintilačního počítače, kalibrace pomocí externích standardů. Stanovení primární produkce 14C metedou. Stanovení baktertiální produkce inkorporací 3H- thymidinu. Inkorporace 14C-glukózy. Mikroautoradiografie s 3H-substráty, interpretace výsledků.

Studijní aktivity a metody výuky
unspecified
Výstupy z učení
Seznámení s moderními metodami používanými v současné limnologii, založenými na využití fluorescence a radioaktivně značených látek. Tyto metody jsou výhodné pro svou specifičnost, citlivost a relativní jednoduchost. Důraz bude kladen zejména na praktické provedení metod a interpretaci výsledků.

Předpoklady
unspecified

Hodnoticí metody a kritéria
unspecified
Periodicita: pouze v akademickém roce začínajícím sudým letopočtem (např. 2008/2009).
Doporučená literatura
  • Hobbie, J. E., Daley, R. J. and Jasper, S., 1979: Use of Nuclepore filters for counting bacteria by epifluorescence microscopy. Appl. Environ. Microbiol. 33: 1225-1228.
  • Kemp, P. F., Sherr, B. F., Sherr, E. B., Cole, J. J. 1993: Handbook of methods in aquatic microbial ecology, 777 pp, Lewis Publisher, Boca Raton, Florida.
  • Porter, K. G. and Feig, Y. S., 1980: The use of DAPI for identifying and counting aquatic microflora. Limnol. Oceanogr., 25, 943-948.
  • Preparation of samples for liquid scintillation counting (firemní katalog) Nuclear Chicago Corporation, Des Plaines, USA, 1976.
  • Rieman, B., Sondergaard, M. (Eds): Carbon dynamics in eutrophic, temperate lakes, (248 pp. ). Elsevier, Amsterdam, 1986.
  • Sherr, B. F., Sherr, E. B. and Fallon, R. D., 1987. Use of monodispersed, fluorescently labelled bacteria to estimate in situ protozoan bacterivory. Appl. Environ. Microbiol., 53, 958-965.
  • Straškrabová, V., Hartman, P., Macek, M., Nedoma, J., Šimek, K. Vrba, J. 1996: Mikrobiální ekologie vody, 119 pp., Ministerstvo ŽP ČR.


Studijní plány, ve kterých se předmět nachází
Fakulta Studijní plán (Verze) Kategorie studijního oboru Doporučený ročník Doporučený semestr